| Ligne ou section de ligne | Nom | Numéro | Commune(s) | Type | Observations |
|---|---|---|---|---|---|
| Lons-le-Saunier (39) - Saint-Julien (39) | Saint-Laurent-la-Roche | 39488.1 | Saint-Laurent-la-Roche | Vrai tunnel | E 100 / Inachevé |
| Salins-les-Bains (39) - Levier (39) | Pont d'Héry | 39436.1 | Pont-d'Héry | Tranchée couverte | E 100 |
| Champagnole (39) - Foncine-le-Bas (39) | Sirod | 39070.1 | Bourg-de-Sirod Sirod | Vrai tunnel | E 100 |
| Crans | 39178.1 | Crans | Vrai tunnel | E 100 | |
| Cuiard | 39424.1 | Les Planches-en-Montagne | Vrai tunnel | E 100 | |
| Bief de la Ruine | 39227.2 | Foncine-le-Bas | Vrai tunnel | E 100 | |
| Boujailles-Gare (25) - Sirod (39) | Notre Dame Espérance | 39221.1 | La Favière | Faux tunnel | E 100 |
| Belle Fontaine | 39391.1 | Nozeroy | Vrai tunnel | E 100 | |
| Combes Chenaud | 39165.1 | Conte | Faux tunnel | E 100 | |
| Morez (39) - La Cure | Turu | 39470.1 | Les Rousses | Vrai tunnel | E 100 |
| Sous les Barres | 39470.2 | Les Rousses | Vrai tunnel | E 100 | |
| Lons-le-Saunier (39) - Saint-Claude (39) | Creux de Revigny | 39458.5 | Revigny | Vrai tunnel | E 100 |
| Champied | 39440.1 | Pratz | Vrai tunnel | E 100 / Détruit | |
| Clairvaux-les-Lacs (39) - Foncine-le-Haut (39) | Clairvaux | 39154.1 | Clairvaux-les-Lacs | Vrai tunnel | E 100 |
| Dombief | 39131.3 | La Chaux-du-Dombief | Vrai tunnel | E 100 | |
| Foncine | 39227.1 | Foncine-le-Bas | Tranchée couverte | E 100 | |
| Salines de Montmorot (39) | Salines | 39300.1 | Lons-le-Saunier | Faux tunnel | Détruit |
| Dijon (21) - Vallorbe (frontière) | Champvans lès Dole | 39101.1 | Champvans Dole | Vrai tunnel | |
| Champaillon 1 | 39355.1 | Montigny-lès-Arsures | Tranchée couverte | ||
| Champaillon 2 | 39355.2 | Montigny-lès-Arsures | Tranchée couverte | ||
| Souillerots | 39355.3 | Montigny-lès-Arsures | Tranchée couverte | ||
| Vieux Mont de Mesnay | 39325.1 | Mesnay | Vrai tunnel | ||
| Ecomboles 1 | 39325.2 | Mesnay | Vrai tunnel | ||
| Ecomboles 2 | 39325.3 | Mesnay | Vrai tunnel | ||
| Cul de Brey 1 | 39325.4 | Mesnay | Vrai tunnel | ||
| Cul de Brey 2 | 39325.5 | Mesnay | Vrai tunnel | ||
| Cul de Brey 3 | 39325.6 | Mesnay | Vrai tunnel | ||
| Morinçon | 39522.1 | Supt | Vrai tunnel | ||
| Chevreuil | 39214.1 | Esserval-Tartre | Vrai tunnel | ||
| Gray (70) - Fraisans (39) | Chaux | 39246.1 | Gendrey | Vrai tunnel | |
| Ranchot | 39451.1 | Ranchot | Vrai tunnel | ||
| Mouchard (39) - Salins-les-Bains (39) | Marmoz | 39315.1 | Marnoz | Vrai tunnel | |
| Savate | 39500.1 | Salins-les-Bains | Vrai tunnel | ||
| Andelot-en-Montagne (39) - La Cluse (01) | Malproche | 39545.1 | Le Vaudioux | Vrai tunnel | |
| Belettes | 39129.1 | Chaux-des-Crotenay | Vrai tunnel | ||
| Morillon | 39131.1 | La Chaux-du-Dombief | Vrai tunnel | ||
| Saut | 39131.2 | La Chaux-du-Dombief La Chaumusse | Vrai tunnel | ||
| Joux | 39487.1 | Saint-Laurent-en-Grandvaux | Vrai tunnel | ||
| Savine | 39487.2 | Saint-Laurent-en-Grandvaux Morbier | Vrai tunnel | ||
| Crottes | 39367.1 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Frasses | 39367.2 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Pâturage | 39367.3 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Essarts | 39368.1 | Morez | Vrai tunnel | ||
| Bataillards | 39367.4 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Lézair | 39367.5 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Pointe | 39367.6 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Grépillon | 39367.7 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Châlet | 39367.8 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Tancua | 39367.9 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Aplanets | 39367.10 | Morbier | Vrai tunnel | ||
| Gouille aux Cerfs | 39294.1 | Lézat | Vrai tunnel | ||
| Sous la Côte | 39460.1 | La Rixouse | Vrai tunnel | ||
| Frettes | 39460.2 | La Rixouse | Vrai tunnel | ||
| Valfin | 39478.1 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Crapaud | 39478.2 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Champs de Bienne | 39478.3 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Madagascar | 39478.4 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Pain de Sucre | 39478.5 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Serre | 39478.6 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Saint Claude | 39478.7 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Brasselettes | 39283.1 | Lavancia-Epercy | Tranchée couverte | ||
| Tuffe | 39478.8 | Saint-Claude | Vrai tunnel | ||
| Champagnole (39) - Lons-le-Saunier (39) | Verges | 39058.1 | Blye | Vrai tunnel | |
| Faîte | 39458.4 | Revigny Conliège | Tranchée couverte | ||
| Ajourée | 39458.3 | Revigny | Galerie de protection | ||
| Guillotine | 39458.2 | Revigny | Vrai tunnel | ||
| Revigny | 39458.1 | Revigny | Vrai tunnel | ||
| Cent Marches | 39164.3 | Conliège | Tranchée couverte | ||
| Tilleuls | 39164.2 | Conliège | Vrai tunnel | ||
| Diane | 39164.1 | Conliège | Vrai tunnel | ||
| Mouchard (39) - Bourg-en-Bresse (01) | Saint-Lamain | 39486.1 | Saint-Lamain Frontenay | Vrai tunnel | |
| Tunnel en service |
| Tunnel non exploité ou abandonné |
| Tunnel remarquable |
Ligne ou section de ligne :
Le nombre entre parenthèses indique le numéro du département.
Le sens des sections n'est pas nécessairemement le même que celui des lignes.
Communes :
La première ligne indique la commune sur laquelle est située l'entrée du tunnel.
La seconde ligne indique la commune sur laquelle est située la sortie du tunnel.
Si une seule commune est indiquée, les entrée et sortie du tunnel sont situées sur cette même commune.
Observations :
Pour les lignes à voie étroite, l'écartement est précisé en centimètres (par ex : E 100 pour une voie métrique).